Chaque surface de notre corps - à l'intérieur et à l'extérieur - est recouverte de micro-organismes: bactéries, virus, champignons et de nombreuses autres formes de vie microscopiques. vrx / Shutterstock.com

Si vous pensez ne pas avoir de virus, détrompez-vous.

Cela peut sembler difficile à comprendre, mais le corps humain est occupé par de vastes collections de micro-organismes, communément appelés notre microbiome, qui ont évolué avec nous depuis les débuts de l’homme. Les scientifiques ont récemment commencé à quantifier le microbiome et ont découvert qu’il était habité par au moins 38 trillion bactéries. Plus intriguant, peut-être, les bactéries ne sont pas les microbes les plus abondants qui vivent dans et sur notre corps. Ce prix va aux virus.

On a estimé qu'il y a plus de 380 milliards de virus nous habite, une communauté appelée collectivement le virome humain. Mais ces virus ne sont pas les virus dangereux dont vous entendez souvent parler, comme ceux qui causent la grippe ou le rhume, ou des infections plus sinistres comme Ebola ou la dengue. Beaucoup de ces virus infectent les bactéries qui vivent à l'intérieur de vous et sont appelées bactériophages, ou phages. Le corps humain est un terreau fertile pour les phages et, malgré leur abondance, nous n’avons que très peu d’aperçus sur ce que tous ou tous les autres virus du corps font.

Je suis un médecin-scientifique qui étudie le microbiome humain en se concentrant sur les virus, car j'estime qu'exploiter le pouvoir des prédateurs naturels ultimes des bactéries nous apprendra comment prévenir et combattre les infections bactériennes. On pourrait supposer, à juste titre, que si les virus sont les microbes les plus abondants dans le corps, ils seraient la cible de la majorité des études sur le microbiome humain. Mais cette hypothèse serait terriblement erronée. L'étude du virome humain est tellement en retard sur l'étude des bactéries que nous venons tout juste de découvrir certaines de leurs caractéristiques les plus élémentaires. Ce retard est dû au fait qu'il a fallu beaucoup plus de temps aux scientifiques pour reconnaître la présence d'un virome humain et à l'absence d'outils standardisés et sophistiqués pour déchiffrer ce qui se trouve réellement dans votre virome.

Le 411 sur le virome

Voici quelques-unes des choses que nous avons apprises jusqu'à présent. Les bactéries présentes dans le corps humain ne sont pas amoureuses de leurs nombreux phages qui vivent à l'intérieur et autour d'eux. En fait, ils ont développé des systèmes CRISPR-Cas - qui les humains ont maintenant coopté l'édition de gènes - se débarrasser des phages ou de prévenir les infections de phage tout à fait. Pourquoi? Parce que les phages tuent les bactéries. Ils prennent en charge la machinerie des bactéries et les forcent à produire plus de phages plutôt que de produire plus de bactéries. Quand ils ont fini, ils sortent de la bactérie, la détruisant. Enfin, les phages sont assis sur les surfaces de notre corps en attendant de croiser des bactéries vulnérables. Ce sont essentiellement des bactéries traqueurs.

Il est clair qu'une guerre se déroule sur notre corps à chaque minute de chaque jour, et nous ne savons pas qui gagne ni quelles sont les conséquences de cette guerre.

Les virus peuvent habiter toutes les surfaces à la fois à l'intérieur et à l'extérieur du corps. Partout où des chercheurs ont examiné le corps humain, des virus ont été découverts. Des virus dans le sang? Vérifier. Des virus sur la peau? Vérifier. Des virus dans les poumons? Vérifier. Des virus dans l'urine? Vérifier. Etc. Pour le dire simplement, s’agissant de l’endroit où les virus vivent dans le corps humain, déterminer où ils ne vivent pas est une bien meilleure question que demandant où ils font.

Les virus sont contagieux. Mais souvent, nous ne pensons pas que les virus bactériens sont facilement partagés. Les chercheurs ont montré que le simple fait de vivre avec quelqu'un entraînera un partage rapide des virus dans votre corps. Si nous ne savons pas quelles sont les conséquences de la lutte constante entre les bactéries et les virus dans notre corps, la situation se complique de manière exponentielle compte tenu de la lutte entre vos bactéries et leurs virus, qui sont ensuite partagés avec tout le monde, y compris votre conjoint, votre colocataire, et même votre chien.

Les virus nous garder en bonne santé?

En fin de compte, nous devons savoir ce que font tous ces virus dans le corps humain et déterminer si nous pouvons tirer parti de notre virome pour améliorer notre santé. Mais il n’est probablement pas clair pour le moment pourquoi quiconque croit que notre virome peut être utile.

Les virus détruisent la bactérie quand ils sortent de la cellule. Ici, les cercles clairs indiquent où le bactériophage a tué la bactérie. Guido4 / Shutterstock.com

Cela peut sembler contre-intuitif, mais nuire à nos bactéries peut nuire à notre santé. Par exemple, lorsque l'utilisation d'antibiotiques perturbe nos communautés bactériennes en santé, d'autres méchants microbiens, également appelés agents pathogènes, profitent de l'occasion pour envahir notre corps et nous rendre malades. Ainsi, dans un certain nombre de conditions humaines, nos bactéries saines jouent un rôle important dans la prévention de l'intrusion d'agents pathogènes. Voici où les virus entrent. Ils ont déjà compris comment tuer les bactéries. C'est tout ce qu'ils vivent.

La course est donc lancée pour trouver dans nos viromes ces virus qui ont déjà compris comment nous protéger des méchants, tout en laissant intactes les bonnes bactéries. En effet, il existe des exemples anecdotiques récents utiliser les phages avec succès pour traiter les infections mettant la vie en danger bactérie résistante à la plupart sinon à tous les antibiotiques disponibles - un traitement connu sous le nom de thérapie par phage. Malheureusement, ces traitements sont et continueront d'être entravés par des informations insuffisantes sur le comportement des phages dans le corps humain et les conséquences imprévues que leur introduction pourrait avoir sur l'hôte humain. Ainsi, la thérapie par phages reste fortement régulée. Au rythme actuel des recherches, il faudra peut-être de nombreuses années avant que les phages ne soient utilisés systématiquement comme traitements anti-infectieux. Mais ne vous y trompez pas; les virus qui ont évolué avec nous pendant tant d'années ne font pas seulement partie de notre passé, mais joueront un rôle important dans l'avenir de la santé humaine.

À propos des auteurs

David Pride, directeur associé de la microbiologie, Université de Californie à San Diego et Chandrabali Ghose, chercheur invité, L'Université Rockefeller

Cet article est republié de The Conversation sous une licence Creative Commons. Lis le article original.

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