L'émergence de variantes préoccupantes fin 2020 a marqué un changement dans la pandémie de COVID-19. (Shutterstock)
L'émergence de variantes préoccupantes à la fin de 2020 a provoqué un changement dans la pandémie de COVID-19 alors que les « variantes » sont entrées dans le lexique public. L'accélération de la variante Delta dans le monde soulève des questions sur son origine, sa transmissibilité, ses points chauds et son potentiel de résistance aux vaccins.
Qu'est-ce qu'une variante ?
Grâce au séquençage du génome, nous pouvons déterminer des ordres spécifiques de gènes individuels et les nucléotides qui composent les brins d'ADN et d'ARN. Si nous considérons le virus comme un livre, c'est comme si toutes les pages avaient été découpées en morceaux. Le séquençage nous permet de déterminer tous les mots et phrases dans leur ordre approprié. Les variantes diffèrent les unes des autres basé sur des mutations. Ainsi, deux exemplaires du livre seraient des « variantes » si une ou plusieurs des pièces découpées étaient différentes.
Nous devons également comprendre que des variantes sont apparues tout au long de la pandémie sans effet sur les comportements viraux. Cependant, l'émergence de variantes préoccupantes, où des mutations ont entraîné une altération des caractéristiques du virus (augmentation de la transmission et de la gravité de la maladie, réduction de l'efficacité du vaccin, échec de la détection) ont eu des conséquences délétères sur la santé.
L'émergence et la transmission de B.1.1.7 (Alpha), B.1.351 (Beta) et P.1 (Gamma) au Canada ont entraîné troisième vague de transmission conduisant à des systèmes de soins de santé submergés et à la mise en œuvre de nouvelles restrictions. L'Organisation mondiale de la santé a introduit un nouveau système de nommage, basé sur l'alphabet grec, pour les variantes du coronavirus au printemps 2021.
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Qu'est-ce que la variante Delta, où a-t-elle émergé ?
La variante Delta est un variante préoccupante également connu sous le nom de B.1.167.2 et est l'une des trois sous-lignées connues de B.1.167. Selon les Centers for Disease Control and Prevention des États-Unis, la variante Delta a été détectée pour la première fois en Inde en décembre 2020.
L'Organisation mondiale de la santé a introduit un nouveau système de dénomination, basé sur l'alphabet grec, pour les variantes du coronavirus au printemps 2021. (Shutterstock)
Qu'est-ce qui différencie cette variante des autres variantes préoccupantes ?
L'une des caractéristiques déterminantes de la variante Delta a été une transmissibilité améliorée avec augmentations estimées à 40-60 pour cent au-dessus de la variante Alpha. Des données récentes provenant d'Écosse suggèrent que le risque d'hospitalisation doublé suite à une infection par Delta (par rapport à Alpha), en particulier chez les personnes atteintes de cinq autres problèmes de santé ou plus. Un risque accru d'hospitalisation a été observé à partir de données en Angleterre.
L'analyse épidémiologique, qui examine des éléments tels que la répartition de l'infection et la gravité de la maladie, peut souvent fournir des évaluations rapides des changements dans les caractéristiques du virus. L'étude de mutations spécifiques à l'aide de l'analyse des relations structure-activité, qui examine comment la structure chimique du virus affecte son activité biologique, peut également fournir des indices, bien que la validation soit souvent longue.
La protéine de pointe (au premier plan) permet au virus d'entrer et d'infecter les cellules humaines. Sur le modèle de virus en arrière-plan, la surface du virus (bleu) est recouverte de protéines de pointe rouges. (NIH), CC BY
Les premières analyses de la relation structure-activité se sont concentrées sur la relation entre trois mutations et le comportement de Delta. Notamment, une étude de préimpression qui n'a pas encore été examinée par des pairs a suggéré que trois mutations dans la protéine de pointe SARS-CoV-2 peuvent rendre la variante plus transmissible en facilitant la liaison de la protéine de pointe au récepteur dans les cellules humaines (connu sous le nom de récepteur ACE2).
Si nous revenons à l'analogie du livre, cela signifie que trois des morceaux découpés dans la version Delta du livre sont différents de l'original. Chacun de ces trois éléments peut permettre au virus d'infecter plus facilement les cellules humaines.
Que savons-nous de l'épidémiologie de la variante Delta et de ses points chauds ?
Les preuves suggèrent que Delta a joué un grand rôle dans la vague de cas de COVID-19 observée en Inde en 2021. Depuis, cette variante a se répandre dans le monde. Depuis le 14 juin, la variante Delta a été détectée dans 74 pays, représentait plus 90 % des nouveaux cas au Royaume-Uniet au moins six pour cent du nombre total de cas aux États-Unis, avec des estimations comme jusqu'à 10 pour cent.
Une grande partie de ce que nous savons sur la variante Delta est dérivée de Santé publique en Angleterre. La variante Delta a été détectée pour la première fois au Royaume-Uni vers la fin mars 2021 et liée aux voyages. À partir de juin 9, le nombre de cas confirmés ou probables était de 42,323 XNUMX, avec distribution large et hétérogène à travers le Royaume-Uni
Au Canada, Delta a été détecté pour la première fois au début d'avril en Colombie-Britannique. Bien qu'Alpha soit la lignée variante la plus dominante détecté au Canada, la croissance de Delta s'est accélérée dans de nombreuses provinces. Les données de l'Alberta suggèrent que le nombre de cas est doublant tous les 12 à XNUMX jours. Ontario a estimé que 40% de ses nouveaux cas au 14 juin 2021 sont dus à Delta. Les résultats de la modélisation de la Colombie-Britannique suggèrent que Delta contribuera de manière significative à la trajectoire globale en en août.
Il est important de noter que la prévalence rapportée de Delta est une sous-estimation car un test de dépistage opportun n'a pas encore été développé.
Que savons-nous de Delta et des vaccins ?
Les données suggèrent que la vaccination offre une certaine protection contre l'infection et l'hospitalisation avec la variante Delta. LA PRESSE CANADIENNE / Jonathan Hayward
Les premières analyses du Royaume-Uni sur l'efficacité du vaccin contre la variante Delta ont donné un certain optimisme.
Les données d'Écosse ont indiqué que la vaccination avec AstraZeneca ou Pfizer réduction des hospitalisations et des infections, bien que moins que pour la variante Alpha. Cependant, les preuves suggèrent que les immunisations à deux doses avec AstraZeneca ou Pfizer réduit les hospitalisations de 92 % et 96 %, respectivement. La protection contre les maladies symptomatiques a été réduite de 17 % pour Delta par rapport à Alpha avec une seule dose de vaccin. Des réductions modestes de l'efficacité contre la maladie symptomatique ont été notées après deux doses de vaccin.
La propagation de la variante Delta a rendu les gens vaccinés avec deux doses un objectif majeur de la politique de santé publique, et ces résultats le confirment. Cependant, les premières doses semblent offrir une protection substantielle contre les maladies graves nécessitant une hospitalisation.
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